商標轉讓合同是商標轉讓中不可缺少的一部分，這就不可避免的會因為合同問題出現(xiàn)糾紛。那么當我們遇到商標轉讓合同糾紛時該怎么處理呢？
商標轉讓合同糾紛有以下幾種解決方式：
1、如果糾紛屬于企業(yè)內部自身問題所造成的，那么就屬于民事法律糾紛的范疇，需要當事人自己通過司法訴訟的程序來維護自己的權益。
民間調解達成的協(xié)議不具有法律上的強制執(zhí)行力，但仲裁調解達成的協(xié)議或訴訟調解達成協(xié)議在依法制作法律文書生效后具有強制執(zhí)行力，當事人必須履行協(xié)議內容。
2、如果商標的轉讓申請，正處于商標局轉讓審查進程中，商標局會給當事人一個合理的時限來進行處理。
商標合同糾紛的調解沒有法定舶程序，但商標合同糾紛的仲裁或訴訟則必須嚴格依照仲裁法和民事訴訟法規(guī)定的程序進行，否則屬于在程序上的不合法。
3、如果商標糾紛涉及到法律權限問題，當事人只能通過法院的申請證據保全措施的方式，來暫時凍結該商標轉讓后的權利實施，最后再通過訴訟書的程序來解決糾紛問題。
4、如果商標屬于假冒、偽造等非法轉讓的問題，則需要當地的公安部門對其進行刑事鑒定，然后再走司法程序。
5、若屬于商標局“不予受理”、“不予核準”等行政決定的行政糾紛，當事人可以通過國家工商總局或行政訴訟等途徑進行解決。
商標合同糾紛由仲裁機構仲裁后作出的裁決，一裁終裁，具有法律效力，當事人不自覺履行的，另一方當事人可以向有關人民法院申請強制執(zhí)行。
商標合同糾紛由人民法院依法審理后，作出民事判決書，當事人可以在法定期限內向上一級法院上訴，實行二審終審。生效的民事裁判具有強制執(zhí)行力，當事人應當自覺履行，不履行的，法院可以應一方當事人的申請或依職權采取措施，強制當事人履行裁判的內容。
